万方硕士查重系统是一款用于检测学术论文重复率的工具，但在使用过程中，也存在一些限制。首先，万方硕士查重系统对于上传的文件格式有一定的要求，通常支持的格式包括doc、docx、pdf等，其他格式可能无法正常识别。其次，系统对于检测的文本长度也有限制，超过一定长度的文本可能无法完整检测。此外，由于系统需要联网进行检测，网络状况不佳时可能会影响使用效果。针对这些限制，用户在使用时需要注意文件格式和长度，保持良好的网络连接，以获得准确的检测结果。

除此之外，万方硕士查重系统在免费使用时也存在一定的限制，如每日检测次数的限制，检测结果的详细程度等。对于这些限制，用户可以考虑购买付费版本，以获得更多的功能和更灵活的使用体验。另外，用户在使用系统时还需注意保护个人隐私信息，避免出现信息泄露等问题。总的来说，万方硕士查重系统是一款方便实用的工具，但在使用时需要注意其存在的一些限制，并采取相应的措施以获得更好的使用体验。